Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsü, 15 Nisan 2011 tarih ve 27906 Sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 2011/1595 Sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulmuştur.
Üniversitemiz Senatosunun 22.02.2012 tarih ve 136 sayılı oturumunda alınan 1,2,3  nolu Kararları ile 05.04.2012, 10.05.2012 ve  26.06.2012 tarihlerinde yapılan Yüksek Öğretim Kurulu toplantısında incelenmiş ve 2547 Sayılı Kanun’un 2880 Sayılı Kanun’la değişik  7/d-2 maddesi ile Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliğinin 4.ve 7.maddeleri uyarınca;

Üniversitemizin Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde bulunan;

• Beden Eğitimi ve Spor Öğretimi Anabilim Dalı  Beden Eğitimi ve Spor Eğitimi Tezli Yüksek Lisans Programı,

Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde bulunan;

• İlköğretim Anabilim Dalı Fen Bilgisi Eğitimi Tezli Yüksek Lisans Programı,

Sosyal Bilimler Enstitüsü bünyesinde bulunan;

• Güzel Sanatlar Eğitimi Anabilim Dalı Müzik Eğitimi Doktora Programı,
• İlköğretim Anabilim Dalı Sınıf Öğretmenliği Eğitimi Doktora Programı,
• İlköğretim Anabilim Dalı Sınıf Öğretmenliği Eğitimi Tezli Yüksek Lisans Programı,
• Okulöncesi Eğitimi Tezli Yüksek Lisans Programı,
• Sosyal Bilgiler Öğretmenliği Tezli Yüksek Lisans Programı,
• Eğitim Bilimleri Anabilim Dalı Eğitim Yönetimi Teftişi Eğitimi Planlaması ve Ekonomisi Tezli Yüksek Lisans Programı,
• Eğitim Bilimleri Anabilim Dalı Eğitim Programları ve Öğretim Tezli Yüksek Lisans Programı,
• Güzel Sanatlar Eğitimi Anabilim Dalı Resim-İş Eğitimi Tezli Yüksek Lisans Programı,
•  Müzik Eğitimi Tezli Yüksek Lisans Programları,

 Eğitim Bilimleri Enstitüsü bünyesine  aktarılarak, 2011-2012 Eğitim-Öğretim Yılından itibaren 2 Anabilim Dalında 2 Doktora, 2Anabilim Dalında 9 Yüksek Lisans programı olmak üzere toplam 146 öğrenci sayısı ile lisansüstü eğitim faaliyetlerine başlamıştır.
Enstitümüz 2017 – 2018 Eğitim Öğretim Yılı Güz Yarıyılı itibari ile; 5 Anabilim Dalında 5 Doktora  ve  7 Anabilim Dalında 16 Yüksek Lisans programı ile eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.
MİSYONUMUZ;
Eğitim Bilimleri Enstitüsü, öğretmen yetiştirme alanında lisansüstü çalışmayı, araştırma ve projeler yürütmeyi amaçlamakta olup, Türk ve Dünya Eğitim Sisteminin gereksinim duyduğu nicelik ve nitelikte eleman yetiştirilmesine aracılık ederek sistemin daha etkili ve verimli işleyişine katkı sağlayarak, toplumun gelişmesi için ihtiyaç duyulan nitelikli, uzmanlaşmış, üstün yetenekli, Atatürk İlke ve İnkılaplarına bağlı, eğitim-öğretimin tüm kademeleri kapsamında lisansüstü düzeyde eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerinin yapılandırılması, yürütülmesi ve geliştirilmesini sağlayarak ulusal ve uluslararası düzeyde evrensel bilgi birikimine katkıda bulunacak, öğretim üyesi yetiştirmeyi ilke edinmektedir.
VİZYONUMUZ;
Eğitim Bilimleri Enstitüsü bilginin üretimi, kullanımı ve yayılımına en üst düzeyde katkı sağlayan, gelişim ve değişim sürecine uygun olarak, bireylerin insan hak ve özgürlüklerine saygılı, demokratik değerlere bağlı, toplum ve ülke sorunlarına duyarlı, etik ilkeleri benimsemiş, evrensel nitelikte araştırma yapabilen ve projeler üretebilen, ürettiklerini toplumun tüm kesimleriyle paylaşabilen lisansüstü öğrencileri yetiştirmek ve ulusal/uluslararası saygınlığa sahip çağdaş, nitelikli ve kaliteli bir kurum olmaktır.