穆罕默德·阿基夫·埃尔索伊大学教育科学研究所根据2011年4月15日第27906号《官方公报》公布的第2011/1595号部长会议决定成立。
根据我校校务委员会2012年2月22日第136次会议通过的第1、2、3号决定，并经2012年4月5日、2012年5月10日和 2012年6月26日召开的高等教育委员会会议审议，依据经第2880号法律修订的第2547号法律第7/d-2条以及《研究生教育教学研究所组织与运行条例》第4条和第7条；
我校健康科学研究所下设的：
- 体育与运动教学学科 体育与运动教育论文硕士项目，
自然科学研究所下设的：
- 初等教育学科科学教育论文硕士项目，
社会科学研究所下设的：
- 艺术教育学科 音乐教育博士项目，
- 初等教育学科小学教师教育博士项目，
- 初等教育学科小学教师教育论文硕士项目，
- 学前教育论文硕士项目，
- 社会科学教师教育论文硕士项目，
- 教育科学学科教育管理、督导、教育规划与经济学论文硕士项目，
- 教育科学学科课程与教学论文硕士项目，
- 艺术教育学科绘画与手工教育论文硕士项目，
- 音乐教育论文硕士项目，
上述项目转入教育科学研究所后，自2011-2012学年起，以2个学科的2个博士项目和2个学科的9个硕士项目、共146名学生的规模，开始开展研究生教育活动。
截至2023-2024学年春季学期，我所继续以6个学科的9个博士项目和9个学科的20个硕士项目开展教育教学活动。